1、质量性状的变异是呈间断性，杂交后代可明确分组。数量性状的变异则呈连续性，杂交后的分离世代不能明确分组。
2、质量性状不易受环境条件的影响。数量性状一般容易受环境条件的影响而发生变异，而这种变异一般是不能遗传的。
3、质量性状在不同环境条件下的表现较为稳定。而控制数量性状的基因则在特定时空条件下表达，不同环境条件下基因表达的程度可能不同，因此数量性状普遍存在着基因型与环境互作。
4、对于质量性状一般采用系谱和概率分析的方法，并进行卡方检验；而数量性状的研究则需要遗传学方法和生物统计方法的结合，一般要采用适当的遗传交配设计、合理的环境设计、适当的度量手段和有效的统计分析方法，估算出遗传群体的均值、方差、协方差和相关系数等遗传参数等加以研究